生物滤床技术主要利用填料表面附着的大量微生物实现对气体中异味组分的生物降解，即：溶解—生物吸收—生物分解利用，从而去除异味组分。这一过程涉及物理、化学、生物化学等一系列反应。

微生物除臭原理如下:

负压收集来的臭气进入生物滤床设备后，首先自上向下经过一级预洗，起到降尘及吸收部分水溶性气体的作用，后进入生物滤床，生物滤床通过喷淋加湿给填料上的微生物提供一个良好的生长环境，臭气组分则为微生物提供生长所需的养分，从而使异味组分得到净化。